Um dia, uma misteriosa garota chamada Kaguya apareceu na ilha de Wyndaria após uma grande tempestade. Ela encontra Rick, um espadachim, que trabalha junto com suas 3 amigas na padaria da ilha. Aparentemente, Kaguya perdeu suas memórias e emoções. Além disso, a Wyndaria geralmente pacífica agora está repleta de piratas que vieram buscar a pedra espiritual especial que é usada em volta do pescoço do Kaguya. Sabendo da situação, Rick e suas amigas, Nellis, Amyl, e Aerie decidem trazer de volta a paz para a ilha e ajudar Kaguya recupere suas memórias perdidas e emoções. Shining Hearts é baseado em um jogo de RPG que foi lançado pela empresa Sega em 16 de Dezembro de 2010.